多肽固相合成技術的發明有效促進了多肽合成的自動化。20世紀80年代初期出現的第一臺真正的多肽合成器，利用氮氣鼓泡攪拌反應物，通過計算機程序控制實現了有限的自動合成。雖然各功能方面都有明顯的缺陷，但它畢竟把人從實驗室里解放出來，大大提高了工作效率。
隨著多肽科學的發展，科學家也對合成器提出了更高的要求，從而帶動了合成器的發展。多肽合成儀非常適合合成具有一定難度和長度的多肽，被高校、科研機構、制藥企業廣泛應用于一般的多肽研究、多肽藥物和疫苗的開發、藥證申請等。多肽的合成實現全過程自動調控，氨基酸和試劑的添加、攪拌速度、反應時間等可通過模塊化程序設定。
多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉防爆玻璃反應器中按已知順序〔序列，一般為C端羧基末端至N端氨基末端〕不斷添加、反應、合成、操作最終得到多肽載體。固相合成法大大減少了每一步產品精制的難度。為了防止副反應，參與反應的氨基酸側鏈都受到保護。羧基末端是游離的，在反應之前必須活化。固相合成方法有Fmoc和tBoc兩種。由于Fmoc比tBoc有更多的優勢，目前多采用Fmoc法合成，但對于部分短肽，tBoc以其產率高的優勢仍然被許多企業采用。
多肽合成儀合成步驟。
1、脫保護：受Fmoc保護的柱和單體必須用堿性溶劑(piperidine)去除氨基保護基團。
2、活化與交聯：下一個氨基酸的羧基被活化劑活化。被活化的單體與游離的氨基反應交聯，形成肽鍵。在這一步中，使用大量的超濃度試劑促進反應。循環：這兩個階段的反應反復循環直到合成完成。
3、洗脫保護：多肽從色譜柱上洗脫，其保護基受一種脫保護劑(TFA)洗脫保護。
