1.原料因素：
氨基酸純度：氨基酸是多肽合成的基本單元，其純度不足會導致雜質混入，影響多肽的純度和質量。例如，消旋化的氨基酸會使合成的多肽中存在錯誤的氨基酸構型。
溶劑質量問題：溶劑用于溶解反應物和清洗樹脂等，如果溶劑中含有雜質或水分，可能會與反應物發生副反應，影響多肽合成的效率和質量。比如在Fmoc固相合成中，常用的DMF等溶劑若含有少量水，會水解活化的氨基酸。
2.設備因素：
電磁閥故障：電磁閥控制液路的串聯與閉路，在氨基酸轉移與量取、溶劑轉移與量取過程中起著關鍵作用。電磁閥出現故障可能導致液體流動不暢、量取不準確等問題，影響合成的準確性。
感應器精度問題：感應器用于監測反應過程和液體量取等，如果感應器精度不夠或出現偏差，會導致對反應條件的監測不準確，進而影響多肽合成的效果。
機械部件磨損：如攪拌裝置、傳動裝置等機械部件的磨損會影響反應的均勻性和穩定性，導致多肽合成效率降低或產物質量不一致。
3.環境因素：
溫度變化：多肽合成反應通常在一定的溫度范圍內進行，溫度過高或過低都會影響反應速率和平衡，導致副反應增加或反應不全。例如，高溫可能加速氨基酸的消旋化，低溫則可能使反應速度變慢。
濕度影響：濕度過高可能導致溶劑吸濕，影響反應體系的濃度和反應活性，同時也可能引起一些對水敏感的反應物或產物的降解。
4.人為因素：
操作失誤：操作人員在使用多肽合成儀時，如果操作不當，如加料順序錯誤、量取不準確、反應時間控制不當等，都會導致合成結果出現偏差。
參數設置錯誤：不同的多肽合成需要根據具體的實驗要求設置合適的參數，如氨基酸的用量、反應時間、溫度等。如果參數設置不合理，會影響多肽的合成效果。
